Археологический музей Термеза был образован 24 октября 2001 года по инициативе Президента Республики Узбекистан И. А. Каримова, в честь 2500-летия города Термеза. Это единственный в своем роде специализированный музей в регионе Центральной Азии, состоящий из входного зала, 9 основных залов и галереи.

Термезский Археологический музей был открыт для посетителей в 2002 году. Во входном зале музея можно увидеть уникальные статуи из камня и гипса, керамические сосуды большого размера, каменный бассейн, а также карту области, где обозначены 20 археологических памятников, относящихся к разным периодам истории региона. В 9 основных залах установлены экспонаты, найденные в ходе раскопках Сурхандарьинской области, здесь и примитивные каменные орудия первобытного человека, и произведения искусства, сделанные руками искусных мастеров.

На сегодняшний день фонд музея включает более 27 000 предметов старины, состоявшие из коллекций живописи, скульптуры, нумизматики, археологии, фото, предметов быта и многое другое. В Научной библиотеке музея имеются  более 16 000 уникальных книг, также рукописные и литографические издания на персидском, арабском и европейском  языках.

В музее имеются следующие научные отделы:

— Отдел эпохи эллинизма и Древней Бактрии.

— Отдел эпохи камня и бронзы.

— Отдел Кушанской культуры Северной Бактрии.

— Отдел развитого средневековья.

— Отдел раннего средневековья Северного Тохаристана.

— Отдел эпохи ханств.

— Отдел нумизматики.